Sejak pengalihan dari PGAN ke MAN 2 Banjarmasin tahun 1992, MAN 2 Model Banjarmasin mempunyai Kepala Madrasah secara definitif sebanyak 10 (sepuluh) orang, yakni :
DRS. H. MULKANI
(1992 -1993)
DRS. H. HABERI
(1993-1997)
DRS. H. M. NURDIN
1997 (11 BULAN)
DRS. H. SABERI ISMAIL
1998 -2002
DRS. H. HABERI
(2002-2004)
DRS.H. ABDURRACHMAN, M.Pd
(2004-2010)
DRS. H. BAKHRUDDIN NOOR
(2010-2013)
DRA. HALIMATUSSA’DIYAH, M.Pd.
(2013- 2017)
Dra. Hj. Halimatussadiyah, M.Pd., Kepala Manda sejak tahun 2014 telah dilantik Rabu (08/02/17) lalu menjadi Kepala Seksi (Kasi) Pondok Pesantren (Pontren) Bidang Pendidikan Agama dan Keagamaan Islam (Pakis) Kantor Wilayah (Kanwil) Kementerian Agama (Kemenag) Provinsi Kalimantan Selatan dan penggantinya adalah Drs. Riduansyah, M.Pd yang sebelumnya menjabat sebagai Kepala MAN 1 Martapura.
Di bulan Januari 2019 kembali terjadi pergantian kepala madrasah, di mana Riduansyah, M.Pd yang sebelumnya menjadi Kepala MAN 2 Model Banjarmasin dimutasi menjadi Kepala MTsN 2 Kota Banjarmasin. Adapun yang menggantikan beliau ialah Dra. Hj. Naimah yang sebelumnya menjabat sebagai Kepala MTsN 3 Kota Banjarmasin. Link berita dapat dilihat di sini.
Pada Tanggal 02 September 2021 telah terjadi pergantian Kepala MAN 2 Kota Banjarmasin dari Ibu Dra. Naimah kepada Bapak Abdul Hadi, M.PKim
