Untuk mendapatkan kualitas peserta didik, MAN 2 Model Banjarmasin melakukan rekrutmen calon peserta didik melalui 2 jalur. Jalur non tes (penjaringan peserta didik berprestasi) melalui seleksi nilai raport rata-rata 80 untuk semester 1 s.d 5, atau pernah menjuarai lomba akademik/ non akademik minimal tingkat Kotamadya.
Jalur tes dilaksanakan melalui tes kemampuan akademik dan wawancara. Kedua jalur tersebut juga diseleksi melalui tes Baca Tulis Al-Qur’an (BTA). Untuk rekrutmen calon peserta didik ini dikelola oleh Panitia Penerimaan Peserta Didik Baru (PPDB) setiap tahunnya.