Madrasah Aliyah Negeri (MAN) 2 Model Banjarmasin adalah lembaga pendidikan Islam di bawah naungan Kementerian Agama (Kemenag) Republik Indonesia, mendapatkan mandat untuk mengemban amanah sebagai sekolah umum yang berciri khas agama Islam; sebagai madrasah model di Kalimantan Selatan dan sebagai madrasah yang mengembangkan kemampuan akademik, non akademik, dan akhlak al-karimah.
Secara historis, madrasah ini cikal bakalnya berawal dari Pendidikan Guru Agama Negeri (PGAN) 4 Tahun Banjarmasin yang didirikan oleh pemerintah pada tahun 1951, dengan menumpang di berbagai tempat berbeda, seperti SMP Muhammadiyah, STN/ SMEP Nagasari, STN Teluk Dalam dan SP IAIN.
Pada tahun 1957, PGAN 4 Tahun ditingkatkan menjadi PGAN 6 Tahun dan lokasinya dipusatkan di Komplek Pelajar Mulawarman Banjarmasin. Selanjutnya, tahun 1978, berdasarkan KMA No. 16/17 tahun 1978, PGAN Kelas I, II dan III beralih menjadi MTsN dan PGAN Kelas IV, V dan VI beralih menjadi PGAN.
Karena lokasi di Komplek Mulawarman terlalu sempit dan tidak memungkinkan untuk dikembangkan, maka sejak tahun 1987 direlokasi dari Komplek Mulawarman ke Jl. Tembus Terminal (Jl. Pramuka Km.6) di lokasi sekarang ini.
Perkembangan selanjutnya pada tahun 1990, berdasarkan KMA No.64 tahun 1990 tanggal 25 April 1990, PGAN beralih fungsi menjadi Madrasah Aliyah Negeri (MAN). Dan dengan SK No. 42 Tahun 1992 tanggal 27 Januari 1992, PGAN resmi dialihkan menjadi MAN terhitung dari tanggal 1 Juli 1992.
Berdasarkan Surat Dirjen Binbaga Islam No. E.IV/PP.00/A2/445/94 tanggal 1 Maret 1994, MAN 2 Banjarmasin ditunjuk sebagai MAN Model Kalimantan Selatan. Kemudian sebagai realisasi program peningkatan kualitas Madrasah Aliyah melalui proyek Development of Madrasah Aliyah’s Project (DMAP) dengan SK Dirjen Binbagais Depag Nomor E.IV/PP.006/Kep/17-A/1998 tanggal 20 Februari 1998, MAN 2 Banjarmasin resmi beralih menjadi MAN 2 Model Banjarmasin.
Terkait registrasi madrasah, mengacu Keputusan Kepala Kantor Kementerian Agama Provinsi Kalimantan Selatan Nomor 137 Tahun 2011 tanggal 23 Maret 2011, MAN 2 Model Banjarmasin mendapatkan Piagam Registrasi dengan Nomor Statistik Madrasah (NSM) 131163710039.
Pada tanggal 22 Nopember 2012, oleh Badan Akreditasi Sekolah/ Madrasah Provinsi Kalimantan Selatan, MAN 2 Model Banjarmasin ditetapkan sebagai Madrasah Terakreditasi dengan peringkat A (Amat Baik) dengan Sertifikat Akreditasi Nomor: 033/BAP-SM/PROP-15/LL/XI/2012.
Hingga kini, madrasah yang berada di Jl. Pramuka Komplek Semanda, RT.20 No. 28 Banjarmasin Timur ini secara berkesinambungan terus berpacu dalam meningkatkan kualitas pelayanan dan mutu pendidikan, sehingga saat ini telah menjadi salah satu sekolah favorit dan unggulan di Provinsi Kalimantan Selatan.
Secara kualitatif, hal ini dibuktikan dengan indikator terus meningkatnya kepercayaan masyarakat yang bergabung untuk memasukkan putra-putrinya dan turut berpartisipasi untuk mendukung pelaksanaan pendidikan di MAN 2 Model Banjarmasin.
Dan secara kuantitatif ditunjukkan dengan aneka prestasi yang berhasil diraih peserta didik MAN 2 Model Banjarmasin, baik di bidang akademik maupun non akademik dari tahun ke tahun.